Dono de um percurso académico notável, de 1924 a 1928, frequenta Filologia Clássica na Faculdade de Letras da Universidade do Porto, tendo concluído a licenciatura com 20 valores. Depois disso começa a escrever para a revista Seara Nova, colaboração que manteve até 1938.
Em 1929, com apenas 23 anos, defende a sua dissertação de doutoramento a que dá o nome de "O Sentido Histórico das Civilizações Clássicas", doutorando-se "com louvor".
Em 1931 parte como bolseiro para Paris, onde estuda na Sorbonne e no Collège de France. Após o seu regresso em 1933, lecciona no ensino secundário em Aveiro até ao ano de 1935, altura em que é demitido do ensino oficial por se recusar a assinar a Lei Cabral, que obrigava todos os funcionários públicos a declararem por escrito que não participavam em organizações secretas (e como tal subversivas). No mesmo ano, consegue uma bolsa do Ministério das Relações Exteriores de Espanha e vai estudar para o Centro de Estudos Históricos de Madrid. Em 1936 regressa a Portugal devido à iminência da Guerra Civil Espanhola.
Cria o Núcleo Pedagógico Antero de Quental em 1939, e em 1940 publica Iniciação: cadernos de informação cultural. É preso pela polícia política em 1943, abandonando o país no ano seguinte (1944) em direcção à América do Sul, passando pelo Brasil, Uruguai e Argentina, no seguimento da sua oposição ao Estado Novo conduzido por Salazar.
Em 1947, instala-se definitivamente no Brasil, onde vive até 1969. Em 1948, começa a trabalhar no Instituto Oswaldo Cruz do Rio de Janeiro, estudando entomologia, e ensinando simultaneamente na Faculdade Fluminense de Filosofia. Colabora com Jaime Cortesão na pesquisa sobre Alexandre de Gusmão. De 1952 a 1954, ensina na Universidade Federal da Paraíba em João Pessoa e também em Pernambuco.
Em 1954, novamente com Jaime Cortesão, ajuda a organizar a Exposição do Quarto Centenário da Cidade de São Paulo. É um dos fundadores da Universidade Federal de Santa Catarina, cria o Centro de Estudos Afro-Orientais e ensina Filosofia do Teatro na Universidade Federal da Bahia, tornando-se em 1961 assessor para a política externa do presidente Jânio Quadros. Participa na criação da Universidade de Brasília e do seu Centro Brasileiro de Estudos Portugueses no ano de 1962 e, dois anos mais tarde, cria a Casa Paulo Dias Adorno em Cachoeira e idealiza o Museu do Atlântico Sul em Salvador da Bahia.
Regressa a Portugal em 1969, após a doença e morte de Salazar e a sua substituição por Marcelo Caetano, facto que dá origem a alguma abertura política e cultural no regime. Desde então continua a escrever e a leccionar em diversas universidades portuguesas, dirigindo o Centro de Estudos Latino-Americanos da Universidade Técnica de Lisboa, e no papel de consultor do Instituto de Cultura e Língua Portuguesa, (actual Instituto Camões).
Em 1990, a RTP1 emitiu uma série de treze entrevistas com o professor Agostinho da Silva, denominadas Conversas Vadias. Uma outra entrevista, conduzida por António Escudeiro e chamada Agostinho por si próprio, fala sobre a sua devoção ao Espírito Santo e foi publicada pela editora Zéfiro em 2006.
Faleceu no Hospital de São Francisco Xavier, em Lisboa, no ano de 1994.
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